وشمل الدور الثاني على 36 منتخباً جرى تقسيمها على 9 مجموعات، بحيث ضمت كل مجموعة أربعة منتخبات تتنافس بنظام الدوري المجزأ من مرحلتين، وتقام منافسات هذا الدور خلال الفترة من تشرين الثاني 2023 ولغاية حزيران 2024.
وفيما يلي قرعة الدور الثاني من التصفيات المشتركة:
المجموعة الأولى: قطر، الهند، الكويت، الفائز من الدور الأول 1 (أفغانستان – منغوليا)
المجموعة الثانية: اليابان، سوريا، كوريا الشمالية، الفائز من الدور الأول 5 (ميانمار – ماكاو)
المجموعة الثالثة: كوريا الجنوبية، الصين، تايلاند، الفائز من الدور الأول 3 (سنغافورة – غوام)
المجموعة الرابعة: عمان، قرغيزستان، ماليزيا، الفائز من الدور الأول 7 (الصين تايبية – تيمور الشرقية)
المجموعة الخامسة: إيران، أوزبكستان، تركمانستان، الفائز من الدور الأول 9 (هونغ كونغ – بوتان)
المجموعة السادسة: العراق، فيتنام، الفلبين، الفائز من الدور الأول 8 (إندونيسيا – بروناي)
المجموعة السابعة: السعودية، الأردن، طاجيكستان، الفائز من الدور الأول 6 (كمبوديا – باكستان)
المجموعة الثامنة: الإمارات، البحرين، الفائز من الدور الأول 4 (اليمن – سريلانكا)، الفائز من الدور الأول 10 (نيبال – لاوس).
المجموعة التاسعة: أستراليا، فلسطين، لبنان، الفائز من الدور الأول 2 (المالديف – بنغلادش).